O e-CNPJ é um documento eletrônico em forma de certificado digital, que garante a autenticidade e a integridade na comunicação entre pessoas jurídicas e a Receita Federal, funcionando exatamente como uma versão digital do CNPJ.

A emissão de Notas Fiscais por meio do e-CNPJ também é possível, porém é aconselhável somente se o próprio titular do Certificado for o emissor das notas. Se mais de uma pessoa for responsável por essa parte do negócio, é indicada a compra do Certificado Digital Emissor de Notas Fiscais, que é emitido vinculado ao e-CNPJ da empresa, mas com o CPF do funcionário.